С целью выдачи достоверных лабораторных результатов  в лаборатории Новороссийского филиала ФГБУ «Центр оценки качества зерна» проводится Внутрилабораторный контроль, который включает: построение и контроль стабильности градуировочной характеристики, частоту построения градуировок, оперативный контроль повторяемости, погрешности; контроль стабильности результатов анализа с использованием карт Шухарта. Также в Испытательной лаборатории проводится периодическая проверка подконтрольности процедуры выполнения анализа; участие в программах межлабораторных сравнительных испытаний; регулярное использование стандартных образцов и/или внутренний контроль качества с использованием стандартных образцов, референтных проб.

Кроме того, в испытательной лаборатории Новороссийского филиала проводится: контроль параметров микроклимата в каждой лабораторной группе; входной контроль реактивов; контроль сроков годности реактивов; контролируется качество дистиллированной воды; контроль крупности помола зерна при определении показателей технического анализа, контроль жесткости  питьевой воды при определении клейковины.